当初，桓玄在荆州，横行霸道。殷仲堪的亲党都劝殷仲堪杀他，殷仲堪不听。后来在寻阳，又要利用桓家的声望，推举桓玄为盟主，桓玄更加自矜倨傲。杨佺期为人骄悍，桓玄总是把他当寒门出身，轻视他。杨佺期怀恨在心，秘密游说殷仲堪，说桓玄终究是个祸患，请求在盟誓的祭坛上袭杀他。殷仲堪忌惮杨佺期兄弟勇健，担心如果杀了桓玄，就无法再控制杨氏兄弟，苦苦劝阻他。于是盟誓之后，各回自己镇所。桓玄也知道了杨佺期的阴谋，暗地里也对杨佺期起了杀心，于是屯兵于夏口，任命始安太守济阴卞范之为长史，做他的军师。当时，诏书唯独没有赦免庾楷，桓玄任命庾楷为武昌太守。
当初，郗恢为朝廷抵御西军，桓玄没有得到江州，想要夺取郗恢的雍州，任命郗恢为广州刺史。郗恢听闻，惧怕，询问部属们的意见，众人都说：“如果杨佺期来，谁敢不勠力作战？如果桓玄来，恐怕我们难以与他为敌。”既而听闻是杨佺期来替代自己，于是与南阳太守闾丘羡商量，准备武力抵抗。杨佺期听闻，声言桓玄将从沔水西上，他只是先锋。郗恢的部众深信不疑，望风而溃，郗恢请降。杨佺期进入郗恢府，斩闾丘羡，放郗恢回京。郗恢一家走到杨口，殷仲堪秘密派出杀手，将他和四个儿子一并刺杀，托言是群蛮所杀。