明末士大夫如焦竑、汤显祖、董其昌、陶望龄等都与佛教界有过很深的交往。他们不顾朝廷禁令，与僧人们谈经说法，诗文唱酬。因此人们认为万历时期四大高僧的出现并非偶然，这是一大批文人士大夫响应和支持的结果。晚明士大夫研修佛学的结果，一方面推动了佛教的兴盛，另一方面则是士大夫通过佛学表述他们个性解放的要求，揭露和抨击了理学的虚伪与腐朽，具有思想启蒙的意义。
第三节　白莲教等民间秘密宗教的成熟与发展
明代是白莲教为主流的民间秘密宗教发展成熟时期，它具备了一种宗教生存与发展所必需的一切条件，掌握了几乎一切与封建统治进行斗争的手段与艺术，其存在的意义早已超越了宗教的范畴。
一、明朝统治者的心腹之患
明代的白莲教从渊源上讲始自南宋初年。创建者是宋高宗时吴郡的僧人茅子元。茅子元始创的白莲宗是佛教的一支，其教义融合了佛教天台宗的识法和净土宗的弥陀念佛，提倡五戒（不杀、不盗、不邪淫、不妄语、不饮酒）。白莲宗的教徒有家室，男女一起集会，吃素念佛，深受民众欢迎，迅速发展壮大，因而引起佛教正统与南宋朝廷的恐慌，遭到严厉查禁。茅子元被判妖妄惑众之罪，流放江州（今江西九江），白莲忏堂被取缔。