“暂时停止进攻……”
随后，顾祝同调整部署，采用所谓“并进不如重叠，分进不如合击，以三四个师重叠交互前进”的作战方针，于6月下旬再度向沂蒙山区发起进攻。
而此时，刘邓大军已突破黄河天险，开始了战略进攻。顾祝同闻讯后急忙调兵堵截，但在刘邓大军打击下，再度损兵折将。到8月上旬，顾祝同被解放军赶出鲁中地区，他苦心经营的对山东重点进攻方案宣告破产。
为挽回败局，蒋介石于1948年秋撤销了陆军总司令部徐州指挥所，另立徐州“剿总”，任命刘峙为“剿总”总司令。由于陈诚从东北战场大败而归，被蒋介石免职，顾祝同又从陈诚手中接过参谋总长之职。
7月，在国民政府召开的“南京军事会议”上，顾祝同提出一个战略方案：停止战略进攻，巩固长江以南防线，阻止解放军过江，把黄河以南、长江以北的部队分为几个机动兵团，在江南组建二线兵团，以夺回战略主动权。这一方案，被蒋介石采纳。
然而，国民党军队失败的速度大出顾祝同等人的预料。9月12日，林彪、罗荣桓指挥东北野战军，为实现毛泽东“关门打狗”之战略目标，合围锦州，发动了辽沈战役。
当时，偌大的东北，在国民党军队掌控中的，仅剩长春、沈阳、锦州三座城市。锦州乃沟通关内外联系的咽喉所在，如若失守，后果不堪设想。