郑泰弟郑鸣骏闻讯,连忙偕同杨来嘉、杨富等带领所部官兵船舰向清提督马得功投降,接着郑泰子郑钻绪与其弟都督郑庸、郑经叔、伯平国公郑世袭、定国公郑耀吉等郑氏亲族以及庆都伯王秀奇、忠靖伯陈辉、左都督陈舜穆、副都统何义等一批重要将领也陆续归顺清廷。
由争权引发出郑氏家族内部的火并使郑氏政权的自身力量大减,驱走了一批谙熟水战的将军、都督、总兵、参领、游击、守备、千、把总等将弁与兵丁,带走了大量船舰器械等装备,仅郑泰子郑钻绪就带走所部文武官员四百名,水陆兵丁七千三百名,舟舰一百八十艘。这批投诚官兵都受到清廷的优待和重用。清廷授予原同安伯郑鸣骏为遵义侯、原永诚伯郑钻绪为慕恩伯、原都督何义、陈舜穆为左都督等,后来他们成了清水师的骨干力量,为瓦解和消灭郑氏政权起了很大作用。
对于台湾问题,清政府在招抚未成之后,转入武力征剿。
康熙二年(1663)四月下旬,施琅上疏具体分析了形势,认为郑氏以前所依靠的乃郑泰所属官兵,郑泰被害,其弟郑鸣骏携带其兄郑泰家口妻孥及官兵已前来投诚,厦门实无良将精兵;又郑氏政权内部“相互猜疑,心怀芥蒂,貌合神离,多年负固之贼,眼见渐见瓦解”;从严敕边民内迁立界以来,沿海居民与郑氏“私通接济者日少”,厦门米价一担贵至三两五钱,草料一担增至三钱五分,粮饷匮乏;况且清军占踞同安、海澄两地,先已扼踞厦门咽喉,每昼夜派船袭扰敌巢,弄得郑方力竭穷蹙,以致每闻风声,慌乱不堪,惊魂不定。据此,施琅向康熙进言,若不趁此良机进击,必将贻误战机。康熙皇帝采纳了施琅的意见,一面派人四出打探信息,并将招降之意,遍行散布;一面降敕靖南王、总督、提督整饬水陆各军相机进剿。于是福建水师提督施琅筹建快船一百六十艘,新募官兵三千名,日夜操练,准备进兵厦门。