托马斯的父亲—阿奎那伯爵，当时居住在那不勒斯王国，托马斯的童年也是在那里度过的，后来，他在腓特烈二世创办的那不勒斯大学读了六年书。期间，他出乎意料地加入了多明我会，该会和方济会共同对欧洲中世纪早期建立的神职阶层发起了革命性的挑战。
阿奎那的这一转变令其家族感到不悦。在去罗马的路途中，阿奎那被他的几个兄弟逮住，押送回圣齐奥瓦尼城堡。他的家人为迫使他放弃入教志向，将他监禁了一两年。根据最早有关阿奎那的传记的记载，他的家人甚至安排娼妓去诱惑他，但他不为所动。在教皇诺森四世的干预下，最后其家人还是妥协了。17岁时，托马斯•阿奎那终于穿上了多明我会会服。
阿奎那的师长看出他在神学上天赋异禀，于1244年便送他去科隆的多明我神学院深造，拜入大阿尔伯特门下学习哲学和神学。一年后，他又跟随大阿尔伯特去巴黎大学学习了三年。在这段期间阿奎那也卷入了大学与天主教修士之间有关教学自由的纠纷，他主动抵制大学提供的演讲和小册子。当教皇知晓这起争议时，多明我会挑选了阿奎那作为辩护者。阿奎那在辩论中大获全胜，接着取得了神学的学士学位。