郑泰弟郑鸣骏闻讯，连忙偕同杨来嘉、杨富等带领所部官兵船舰向清提督马得功投降，接着郑泰子郑钻绪与其弟都督郑庸、郑经叔、伯平国公郑世袭、定国公郑耀吉等郑氏亲族以及庆都伯王秀奇、忠靖伯陈辉、左都督陈舜穆、副都统何义等一批重要将领也陆续归顺清廷。
由争权引发出郑氏家族内部的火并使郑氏政权的自身力量大减，驱走了一批谙熟水战的将军、都督、总兵、参领、游击、守备、千、把总等将弁与兵丁，带走了大量船舰器械等装备，仅郑泰子郑钻绪就带走所部文武官员四百名，水陆兵丁七千三百名，舟舰一百八十艘。这批投诚官兵都受到清廷的优待和重用。清廷授予原同安伯郑鸣骏为遵义侯、原永诚伯郑钻绪为慕恩伯、原都督何义、陈舜穆为左都督等，后来他们成了清水师的骨干力量，为瓦解和消灭郑氏政权起了很大作用。
对于台湾问题，清政府在招抚未成之后，转入武力征剿。
康熙二年(1663)四月下旬，施琅上疏具体分析了形势，认为郑氏以前所依靠的乃郑泰所属官兵，郑泰被害，其弟郑鸣骏携带其兄郑泰家口妻孥及官兵已前来投诚，厦门实无良将精兵；又郑氏政权内部“相互猜疑，心怀芥蒂，貌合神离，多年负固之贼，眼见渐见瓦解”;从严敕边民内迁立界以来，沿海居民与郑氏“私通接济者日少”,厦门米价一担贵至三两五钱，草料一担增至三钱五分，粮饷匮乏；况且清军占踞同安、海澄两地，先已扼踞厦门咽喉，每昼夜派船袭扰敌巢，弄得郑方力竭穷蹙，以致每闻风声，慌乱不堪，惊魂不定。据此，施琅向康熙进言，若不趁此良机进击，必将贻误战机。康熙皇帝采纳了施琅的意见，一面派人四出打探信息，并将招降之意，遍行散布；一面降敕靖南王、总督、提督整饬水陆各军相机进剿。于是福建水师提督施琅筹建快船一百六十艘，新募官兵三千名，日夜操练，准备进兵厦门。