1999年,墜落地球的巨大隕石奪去了整個海洋 與此同時,地球外生物WORM亦開始在世界各地繁殖 為了對抗在一瞬間支配了廣泛地區的WORM,人類成立了對WORM組織ZECT ZECT開發出幪面超人系統,投入戰場與WORM展開激戰,時間就在這場戰爭中渡過了七年 2006年,在這個沙漠化的地球上,部分ZECT的成員因為不滿組織的束縛而結成獨立團體NEO ZECT,而ZECT亦開始對這群背叛者進行肅清 就在這時,天道總司,即是假面騎士KABUTO的出現,令戰局產生極大變化 ZECT總部得到一顆巨型冰塊彗星正在接近地球,於是提出「天空之梯子計劃」,於大氣層的太空站設置巨型CLOCK UP機器,製造轉移空間把彗星拉往地球,製造出莫大的水源 透過這個計劃,ZECT的權力就會越趨龐大,足以支配地球 ZECT利用連接地球和宇宙的軌道電梯發動「天空之梯子計劃」,而