第三是兴修水利。江南河湖众多，是全国有名的鱼米之乡。辖区里的吴淞江，流经苏、松两府，穿过吴县、吴江、昆山、青浦、嘉定，因为长期得不到治理而淤塞。前任地方官多次疏通，都没有什么实际效果。每当雨季，这里的江水就如脱缰野马，淹没周围农田、房屋，老百姓深受其害。由于水深不够，大型船只无法正常通航，影响了交通运输、经济发展。海瑞通过民间走访与实地勘察，决定疏浚河道，正好此时受灾，有许多饥民，他们聚集在一起，连生存都是问题，很有可能铤而走险。海瑞灵机一动，想出三百多年后罗斯福用过的“以工代赈”，既找来了劳动力，又解决了赈灾问题。隆庆四年（公元1570年）正月初三日至二月二十日，海瑞整修吴淞江八十余里；二月初九日至三月底，又带领大家治理白茆河。此次工程消耗银两仅五六万，都来自贪官污吏的赃款，或者爱心人士的捐款。老百姓没有增加负担，便解决了水患。
海瑞的改革触动了权贵利益，他们为了自己的特权、财产，纷纷上书弹劾海瑞，要求朝廷把他给罢免。刑科给事中舒化指责海瑞是个奇葩，建立的制度都“非人情”“创新奇之法”“出寻常之外”，建议让他当个闲职就可以，不应该掌握实权，否则“祸害百姓”。吏科给事中戴凤翔受徐阶指使，弹劾海瑞“庇奸民，鱼肉缙绅”“勾结倭寇，攻陷城池”，这都哪跟哪啊，戴凤翔口中的奸民，就是那些告发地主侵占土地的农民，被鱼肉的缙绅，是那些清丈土地后，利益受损的地主；而所谓的勾结倭寇，更是子虚乌有。海瑞向来刚正不阿，列举大量事实，反驳戴凤翔的胡说八道。