在孙中山与西南地方实力派的矛盾关系中，地方实力派掌握着兵权与各省政权，得以自行其是，但孙中山有军政府大元帅身份，名义上仍为护法各省领导人与对外代表，是地方实力派对外打交道时难以绕过的“障碍”，故他们亟思改组军政府，废弃孙中山的领袖地位。陆荣廷、唐继尧等首先提议设立西南各省联合会，以分孙中山之权，唐继尧对此主张尤力，而孙中山出于争取地方实力派支持的需要，也曾对此表示赞成。1917年11月4日，军政府总长唐绍仪、伍廷芳、程璧光等在广州海珠集议组织联合会事，14日孙中山致电唐继尧、陆荣廷，表示“西南局势涣散，若无具体之联合，恐不足以资抵抗。……宜即时发起西南联合会议，务期联合西南各省为一大团体。”但是，孙中山在军政府之下成立联合会的初衷与地方实力派以联合会分军政府和孙中山之权的本意并无交集。根据其后公布的《中华民国护法各省联合条例》及《护法各省联合会议组织条例》的规定，联合会议由参加护法自主各省、海军及经联合会承认的未完全自主省份的护法各军和各战区联合军派出的代表组成，具体办理共同外交，订立契约；监督共同财政，办理内外公债之募集；统筹军备，计划作战；议决停战议和事件；裁决各与省争议事件等权力。设军事、外交、财政、议和总代表，凡联合会议所议决或裁决事件，由各总代表署名公布执行。设军事、外交、财政、议和参赞若干员，由各总代表分别聘任。这两个条例无一字提及军政府，但根据上述规定，其组织架构及权力实际具有政府的地位与作用，成为平行于军政府的又一政府机构，其成立无非是满足地方实力派阳为团结对北、阴为架空孙中山以分其权的目的而已。诚如军政府陆军总长张开儒所言：“其表面虽似省政府联合之过渡机关，而其用意在：第一步推翻军政府，第二步推翻旧国会组织，名虽为联合会议，其内容实为合议政府。其议事条例，实为第二国会。此种非鹿非马之会议，如不经国会通过，则为非法会议，与叛督之天津会议又何以异？如经国会通过，则国会曾产生一军政府，断无再产生一联合政府之理由。即使国会违法通过，则是起义各省，有两个政府，试问国人及友邦将何所适从？”也正因为其在“护法”政治架构下的“合法性”问题，“护法”联合会遭到了非常国会、军政府和孙中山数方的反对，非常国会议员以其“易与国会权限淆混，颇有疑问，……多表示不赞成之意”；孙中山认为其“实无异又一督军团会议，其非法与北洋督军团会议相同”。故联合会虽于1918年1月15日在广州成立，但实际未能发挥作用。